[ad_1]
Para peneliti di Stanford Institute for Stem Cell Biology and Regenerative Medicine telah menemukan alat untuk memeriksa bagaimana sel berperilaku dan berinteraksi di berbagai lingkungan tubuh. Mereka telah menggunakannya untuk lebih memahami bagaimana kanker berkembang dan dapat diobati.
“Sekarang kita dapat melihat blok pembangun jaringan – cara seluruh ekosistem seluler terstruktur – daripada hanya melihat jenis sel yang ada,” kata Aaron Newman, PhD, asisten profesor ilmu data biomedis dan anggota institut. “Ini adalah cara yang jauh lebih kuat untuk melihat organisasi jaringan.”
Alat yang disebut EcoTyper, menggabungkan algoritma komputer baru dengan yang sebelumnya dikembangkan oleh para peneliti untuk menganalisis jenis sel, bagaimana mereka diatur dalam kaitannya satu sama lain, dan jenis pesan RNA apa yang dibuat sel. Para peneliti mampu menganalisis interaksi sel dalam jumlah besar jaringan massal, menggunakan analisis komputer untuk menentukan di mana subtipe sel tertentu hidup dalam jaringan dan bagaimana mereka berinteraksi dengan tetangga mereka.
“EcoTyper unik dalam kemampuannya untuk memecahkan kode arsitektur seluler jaringan pada definisi tinggi dan skala besar dengan cara yang hemat biaya,” kata Newman. “Ini termasuk kemampuan menganalisis jenis spesimen jaringan yang disimpan setelah biopsi atau uji klinis, yang jika tidak, akan sulit dan mahal untuk dianalisis dengan cara ini.”
Keuntungan lain dari EcoTyper adalah para peneliti dapat menggunakan cadangan besar jaringan yang tersimpan dan database publik untuk menjalankan uji klinis virtual, yang telah mereka lakukan untuk menganalisis ribuan kasus kanker dengan cara yang sangat hemat biaya, kata Newman.
A kertas menjelaskan alat ini diterbitkan dalam jurnal Sel. Newman, bersama dengan asisten profesor ilmu data biomedis Andrew Gentles, PhD, adalah penulis senior artikel tersebut, yang menampilkan kemampuan EcoTyper dengan analisis arsitektur jaringan pada berbagai jenis tumor kanker padat. Penulis utama adalah sarjana postdoctoral Bogdan Luca, PhD, dan Chloe Steen, PhD.
Seorang pendamping artikel, diterbitkan dalam jurnal Sel Kanker, menjelaskan bagaimana EcoTyper digunakan untuk mengidentifikasi subtipe sel limfoma. Newman dan Ash Alizadeh, MD, PhD, profesor onkologi, adalah penulis senior makalah itu. Penulis utama adalah Chloe Steen, PhD, dan Bogdan Luca, PhD.
Sel kanker ‘EcoTyping’ dan tetangganya
Sementara kanker paru-paru mungkin terlihat sangat berbeda dari kanker kandung kemih atau jenis tumor kanker lainnya di bawah mikroskop, EcoTyper memungkinkan para peneliti untuk menemukan 10 komunitas multiseluler yang berbeda, dijuluki “ekotipe,” yang ada di lebih dari selusin jenis tumor yang berbeda. Mereka juga menemukan bahwa ada atau tidak adanya ekotipe tertentu dalam tumor sangat prediktif untuk hasil dan sering menunjukkan jenis pengobatan apa yang paling berhasil, bahkan untuk jenis kanker yang berbeda, kata para peneliti.
“Kami menemukan satu ekotipe yang memprediksi respons yang baik terhadap imunoterapi tertentu,” kata Luca. “Faktanya, itu bahkan merupakan prediktor yang lebih baik daripada kandidat biomarker lain yang kami uji, bahkan biomarker yang secara khusus dicari untuk memprediksi respons.” Selain itu, dengan EcoTyper, para peneliti dapat memprediksi apakah lesi pra-ganas – pertumbuhan abnormal yang dapat menjadi kanker – di paru-paru akan secara spontan mundur atau berkembang menjadi kanker paru-paru.
“EcoTyper dapat menyediakan platform untuk terapi masa depan, karena Anda memiliki gagasan yang lebih baik tentang sel-sel jahat dalam tumor yang ingin Anda serang,” kata Gentles. Fokus pada interaksi populasi sel dalam tumor ini berbeda dari pendekatan saat ini, yang biasanya menargetkan “mutasi driver” atau gen di sepanjang jalur tertentu. “Banyak terapi kanker difokuskan pada jenis sel atau gen tertentu, tetapi selalu ada sel lain yang berkontribusi terhadap kanker atau sel yang tidak memiliki mutasi gen itu,” dan itu adalah target pengobatan yang sama berharganya, tambahnya.
Beralih ke kanker darah yang paling umum
Para peneliti yang makalahnya diterbitkan di Sel Kanker berusaha untuk membedakan apakah ada dua subtipe yang berbeda dari jenis limfoma tertentu, seperti yang telah diterima secara umum di lapangan. Menggunakan EcoTyper, mereka menganalisis lingkungan mikro yang ditemukan di antara dan di sekitar sel limfoma sel B besar yang menyebar. Dengan melihat bagaimana sel-sel kanker dan non-kanker mengatur diri mereka sendiri dan berinteraksi, mereka mampu membedakan tidak hanya dua subtipe, tetapi sembilan subtipe yang berbeda, dari limfoma ini.
Karena para peneliti sedang mengerjakan sampel jaringan dari kasus limfoma sebelumnya, mereka juga memiliki catatan tentang bagaimana nasib pasien. “Kami menemukan bahwa tidak hanya ada lebih banyak subtipe limfoma sel B ini daripada yang diketahui sebelumnya, tetapi kami juga dapat menunjukkan bahwa mengetahui subtipe orang mana yang memberi kami peningkatan kemampuan untuk membuat prediksi tentang bagaimana kemungkinan kanker akan berkembang, ” ucap Stein.
Para peneliti dapat menemukan hasil positif dari uji klinis obat limfoma yang tampaknya gagal. Akibatnya, para peneliti menjalankan kembali uji klinis, kali ini menggunakan EcoTyper dan memasukkan pemahaman baru mereka tentang berapa banyak lagi jenis limfoma sel-B yang ada.
“Apa yang kami lihat sebenarnya ada subtipe limfoma spesifik yang merespons terapi,” kata Alizadeh. “Tetapi dalam uji coba awal, mereka tidak dapat mengidentifikasi subtipe lain ini, jadi tanda kemanjuran yang menjanjikan ini hilang di antara hasil negatif untuk semua subtipe limfoma lainnya.”
“Mampu menemukan obat yang tepat dan membuat perawatan kanker yang efektif berdasarkan subtipe kanker tertentu adalah lambang kesehatan yang presisi dan pengobatan yang dipersonalisasi,” tambah Alizadeh. “EcoTyper membantu kami melakukan itu.”
Sumber: Universitas Stanford
[ad_2]
