[ad_1]
Kemampuan untuk menggabungkan fungsi sel dan kunci informasi spasial untuk memahami kehidupan pada tingkat molekuler dan membuat peta jaringan seluler.
Kredit gambar: Nissim Benvenisty melalui Wikimedia, CC-BY-2.5
Studi tentang tubuh manusia pada tingkat sel tunggal telah mendapat dorongan dengan penciptaan alat baru, yang akan memungkinkan para peneliti untuk melihat tidak hanya fungsi sel, tetapi juga di mana mereka berada di dalam jaringan. Alat yang disebut sel2lokasi, telah dikembangkan oleh para peneliti di Wellcome Sanger Institute, Pusat Penelitian Kanker Jerman dan kolaborator mereka.
Kertas, diterbitkan di Bioteknologi Alam, mendemonstrasikan kapasitas cell2location untuk menunjukkan dengan tepat lokasi tipe sel imun terperinci di usus manusia dan kelenjar getah bening, serta memetakan struktur halus otak tikus. Alat baru ini sudah digunakan sebagai bagian dari inisiatif Atlas Sel Manusia untuk memetakan setiap jenis sel dalam tubuh manusia, dan berpotensi suatu hari nanti menggantikan analisis mikroskop sebagai teknik bagi ahli patologi untuk memahami apa yang terjadi dalam biopsi.
Tubuh manusia terbuat dari segudang jenis sel, dengan jenis sel yang sebelumnya belum ditemukan ditemukan secara teratur oleh inisiatif penelitian seperti Atlas Sel Manusia. Jenis penelitian ini menggunakan pengurutan sel tunggal untuk menganalisis sel individu sehingga gen yang diekspresikan dapat diamati, untuk membedakan perbedaan halus dalam fungsi sel yang menentukannya.
Tetapi jenis sel bukanlah satu-satunya faktor dalam berfungsinya jaringan sehat. Sel ‘berbicara’ satu sama lain dan posisi setiap sel dalam hubungannya dengan tetangganya penting untuk memahami bagaimana jaringan berfungsi pada tingkat molekuler.
Sebelumnya, tidak mungkin untuk menggabungkan data sekuensing sel tunggal dengan informasi spasial pada skala yang diperlukan. cell2location memecahkan masalah ini dengan menggabungkan dua jenis informasi, data sekuensing sel tunggal dan data transkriptomik spasial, untuk memvisualisasikan hubungan antar sel dan lebih memahami biologi jaringan.
Dalam studi ini, para peneliti di Wellcome Sanger Institute menerapkan cell2location ke beberapa jenis jaringan manusia dan tikus untuk memberikan data tiga dimensi tentang jenis sel mana yang ada dan di mana mereka berada.
Di otak tikus, yang terstruktur ke dalam wilayah yang berbeda seperti korteks dan talamus, lokasi sel digunakan untuk memberikan analisis yang lebih rinci tentang sel saraf yang disebut astrosit. Itu mampu mendeteksi perbedaan halus dalam gen yang diekspresikan sel, hingga sedikitnya 10 gen berbeda, mengidentifikasi subtipe astrosit langka yang belum pernah dijelaskan sebelumnya. cell2location juga dapat memetakan subtipe langka ini, termasuk yang hanya berjumlah 41 dari 40.000 sel, ke lokasi tertentu di dalam jaringan.
Kekayaan data yang disediakan oleh cell2location juga membuka aplikasi baru untuk pengurutan sel tunggal di bidang patologi. Saat ini, mikroskop digunakan untuk menganalisis sampel jaringan untuk mendiagnosis penyakit seperti kanker. Di masa depan, pendekatan sel tunggal dapat memberikan informasi yang jauh lebih rinci tentang apa yang salah pada tingkat molekuler, yang akan sangat berguna untuk studi mendalam seperti uji klinis.
Sumber: Institut Sanger
[ad_2]
